Im Museumsshop werden zahlreiche Veröffentlichungen angeboten, die das Museum Hexenbürgermeisterhaus herausgegeben hat oder an denen Wissenschaftler des Museums mitgearbeitet haben.

Das Museum gibt zwei Schriftenreihen heraus: Schriften des Städtischen Museums Lemgo und Museums-Materialien (in Zusammenarbeit mit dem Museumsverein Hexenbürgermeisterhaus e.V.).